El aceite no refiado se conserva en mejores condiciones y durante más tiempo que el refinado, porque el primero aún contiene sustancias naturales, como las lecitinas, que lo protegen de la oxidació del aire y del enraciamiento. Durante la refinación, se eliminan las sustancias naturales, como las lecitinas, que lo protegen de la oxidación del aire y del enraciamiento. Durante la refinación, se eliminan las sustancias antioxidantes. Por esto, el aceite refinado debe ser almacenado añadiéndoles antioxidantes artificiales y naturales.
El aceite absorbe fácilmente sabores y olores de envases como los de plástico.
En el caso de la extracción por disolventes, el residuo hojuelado se trata con vapor de agua para eliminar los restos del disolvente. Se separa el disolvente del agua con un separador por gravedad o por fuerza centrífuga. Se utiliza el disolvente nuevamente en el proceso de extracción. Las hojuelas se secan con aire caliente hasta alcanzar una humedad de 12%. La torta es molida o prensada y almacenada. Esta posee una elvada cantidad de proteínas vegetales. La torta se muele para producir haria de calidad uniforme. Se mezclan las harinas de diferentes semillas.
En el caso de la solya, se pueden aislar las proteínas de la torta para uso humano. Las tortas sirven también como fertilizantes.
Las cáscaras pueden servir como alimento para el ganado, como fertilizante, como combustible o como materia prima para la producción de papel.
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